Perfeccionamiento de estructuras macromoleculares mediante el método de máxima verosimilitud.

Análisis de datos de expresión génica relativa mediante PCR cuantitativa en tiempo real y el método 2(-Delta Delta C(T)) Método

Los dos métodos más utilizados para analizar datos de experimentos de PCR cuantitativa en tiempo real son la cuantificación absoluta y la cuantificación relativa. La cuantificación absoluta determina el número de copias de entrada, normalmente relacionando la señal de PCR con una curva estándar. La cuantificación relativa relaciona la señal de PCR del transcrito diana en un grupo de tratamiento con la de otra muestra, como un control no tratado.

El método 2(-Delta Delta C(T)) es una forma cómoda de analizar los cambios relativos en la expresión génica a partir de experimentos de PCR cuantitativa en tiempo real. El objetivo de este informe es presentar la derivación, los supuestos y las aplicaciones del método 2(-Delta Delta C(T)). Además, presentamos la derivación y las aplicaciones de dos variaciones del método 2(-Delta Delta C(T)) que pueden ser útiles en el análisis de datos de PCR cuantitativa en tiempo real.

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Un nuevo modelo matemático para la cuantificación relativa en la RT-PCR en tiempo real

El uso de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real para amplificar productos de ADNc transcritos inversamente a partir de ARNm va camino de convertirse en una herramienta rutinaria en biología molecular para estudiar la expresión de genes de baja abundancia. La PCR en tiempo real es fácil de realizar, ofrece la precisión necesaria y produce resultados de cuantificación fiables y rápidos. Pero una cuantificación precisa de los ácidos nucleicos requiere una metodología reproducible y un modelo matemático adecuado para el análisis de los datos. Este estudio se adentra en los temas particulares de la cuantificación relativa en RT-PCR en tiempo real del transcrito de un gen diana en comparación con el transcrito de un gen de referencia.

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Por lo tanto, se presenta un nuevo modelo matemático. La relación de expresión relativa se calcula únicamente a partir de las eficiencias de la PCR en tiempo real y la desviación del punto de cruce de una muestra desconocida frente a un control. Este modelo no necesita curva de calibración. Se incluyeron niveles de control en el modelo para estandarizar cada corrida de reacción con respecto a la integridad del ARN, la carga de la muestra y las variaciones inter-PCR. Se alcanzó una alta precisión y reproducibilidad (<2,5% de variación) en la PCR LightCycler utilizando el modelo matemático establecido

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Inactivación en un solo paso de genes cromosómicos en Escherichia coli K-12 utilizando productos de PCR

Hemos desarrollado un método sencillo y muy eficaz para interrumpir genes cromosómicos en Escherichia coli en el que los cebadores de PCR proporcionan la homología con el gen o genes objetivo. En este procedimiento, la recombinación requiere la fago lambda Red recombinasa, que se sintetiza bajo el control de un promotor inducible en un plásmido fácilmente curable y de bajo número de copias. Para demostrar la utilidad de este enfoque, generamos productos de PCR utilizando cebadores con extensiones de 36 a 50 nt homólogas a las regiones adyacentes al gen a inactivar y plásmidos plantilla portadores de genes de resistencia a antibióticos flanqueados por sitios FRT (diana de reconocimiento FLP). Utilizando los respectivos productos de PCR, realizamos 13 interrupciones diferentes de genes cromosómicos.

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1 KB DNA LADDER, 500UL PER KIT
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DiscoveryProbe? DNA Damage/DNA Repair Library
L1033-.1 ApexBio
DiscoveryProbe? DNA Damage/DNA Repair Library
L1033-.25 ApexBio
DiscoveryProbe? DNA Damage/DNA Repair Library
L1033-5 ApexBio

Los mutantes de los genes u operones arcB, cyaA, lacZYA, ompR-envZ, phnR, pstB, pstCA, pstS, pstSCAB-phoU, recA y torSTRCAD se aislaron como colonias resistentes a los antibióticos tras la introducción en bacterias portadoras de un plásmido de expresión Red de ADN sintético (generado por PCR). A continuación, se eliminaron los genes de resistencia utilizando un plásmido ayudante que codifica la recombinasa FLP, que también es fácilmente curable. Este procedimiento debería ser ampliamente útil, especialmente en el análisis del genoma de E. coli y otras bacterias, ya que el procedimiento puede realizarse en células de tipo salvaje

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cuerpo de forma saludable.

Perfeccionamiento de estructuras macromoleculares mediante el método de máxima verosimilitud.

En este artículo se revisan las bases matemáticas de la máxima verosimilitud. La función de verosimilitud para estructuras macromoleculares se amplía para incluir información previa de fase e incertidumbres experimentales estándar. Se considera la hipótesis de que distintas partes de una estructura pueden tener errores diferentes.

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Paraffin Wax Dispenser
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Paraffin wax, granular (56 - 60)
Glentham Life Sciences
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Glentham Life Sciences
MagSi-WAX
AMSBIO
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Se describe un método para estimar sigma(A) utilizando reflexiones “libres” y se analizan sus efectos. Las ecuaciones derivadas se han implementado en el programa REFMAC. Se ha probado con varias proteínas en distintas fases de refinamiento (alfa-amilasa bacteriana, citocromo c’, insulina reticulada y proteína de unión a oligopéptidos). Los resultados obtenidos utilizando el residuo de máxima verosimilitud son sistemáticamente mejores que los obtenidos mediante el refinamiento por mínimos cuadrados.

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MULTIPLEX KIT PCR Babesia & Theileria PCR kit
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MicroRNAs: reconocimiento de dianas y funciones reguladoras.

Los microARNs (miARNs) son ARNs endógenos de aproximadamente 23 nt que desempeñan importantes funciones reguladoras de genes en animales y plantas al emparejarse con los ARNm de genes codificadores de proteínas para dirigir su represión postranscripcional. Esta revisión esboza los conocimientos actuales sobre el reconocimiento de dianas de miARN en animales y analiza el amplio impacto de los miARN tanto en la expresión como en la evolución de los genes codificadores de proteínas.

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Beta2-Microglobulin ELISA kit ELISA Kit
LF-EK60047 Abfrontier
Chicken thrombomodulin,TM ELISA KIT ELISA
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Oxycodone ELISA
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Amphiphysin ELISA
LF-EK0189 Abfrontier

Cytoscape: un entorno de software para modelos integrados de redes de interacción biomolecular.

Cytoscape es un proyecto de software de código abierto para integrar redes de interacción biomolecular con datos de expresión de alto rendimiento y otros estados moleculares en un marco conceptual unificado. Aunque es aplicable a cualquier sistema de componentes e interacciones moleculares, Cytoscape es más potente cuando se utiliza junto con grandes bases de datos de interacciones proteína-proteína, proteína-ADN y genéticas, cada vez más disponibles para humanos y organismos modelo. El núcleo de software de Cytoscape proporciona funciones básicas para diseñar y consultar la red, integrarla visualmente con perfiles de expresión, fenotipos y otros estados moleculares, y vincular la red a bases de datos de anotaciones funcionales.

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El núcleo es extensible mediante una sencilla arquitectura de plug-in, lo que permite un rápido desarrollo de análisis y funciones computacionales adicionales. Se examinan varios casos prácticos de complementos de Cytoscape, entre ellos una búsqueda de vías de interacción correlacionadas con cambios en la expresión génica, un estudio de complejos proteínicos implicados en la recuperación celular frente a daños en el ADN, la inferencia de una red combinada de interacción física/funcional para Halobacterium y una interfaz para modelos detallados de regulación génica estocástica/cinética.

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00002-100ug Biotium
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9-00003 Biotium
Alpha-bungarotoxin, CF680r
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Aislamiento de ácido ribonucleico biológicamente activo a partir de fuentes enriquecidas en ribonucleasa.

Se ha preparado ácido ribonucleico (ARN) intacto a partir de tejidos ricos en ribonucleasa, como el páncreas de rata, mediante homogeneización eficaz en una solución 4 M del potente desnaturalizante de proteínas tiocianato de guanidinio más 2-mercaptoetanol 0,1 M para romper los enlaces disulfuro de las proteínas. El ARN se aisló libre de proteínas por precipitación con etanol o por sedimentación a través de cloruro de cesio. El ARN de páncreas de rata obtenido por estos medios se ha utilizado como fuente para la purificación del ácido ribonucleico mensajero de la alfa-amilasa.

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MrBayes 3: Inferencia filogenética bayesiana bajo modelos mixtos.

MrBayes 3 realiza análisis filogenéticos bayesianos combinando información de diferentes particiones o subconjuntos de datos que evolucionan bajo diferentes modelos evolutivos estocásticos. Esto permite al usuario analizar conjuntos de datos heterogéneos formados por distintos tipos de datos -por ejemplo, morfológicos, nucleótidos y proteínas- y explorar una amplia variedad de modelos estructurados que mezclan parámetros compartidos y únicos para cada partición. El programa emplea MPI para paralelizar el acoplamiento de Metropolis en clusters Macintosh o UNIX.

Fuentes :

  1. Gentaur
  2. NCBI
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