Una enciclopedia integrada de elementos de ADN en el genoma humano.

Electroforesis bidimensional de alta resolución de proteínas.

Se ha desarrollado una técnica para la separación de proteínas mediante electroforesis bidimensional en gel de poliacrilamida. Debido a su resolución y sensibilidad, esta técnica es una potente herramienta para el análisis y la detección de proteínas procedentes de fuentes biológicas complejas. Las proteínas se separan según su punto isoeléctrico mediante enfoque isoeléctrico en la primera dimensión, y según su peso molecular mediante electroforesis con dodecil sulfato sódico en la segunda dimensión.

Dado que estos dos parámetros no están relacionados, es posible obtener una distribución casi uniforme de las manchas de proteínas en un gel de dos dimensiones. Esta técnica ha resuelto 1100 componentes diferentes de Escherichia coli y debería ser capaz de resolver un máximo de 5000 proteínas. Una proteína que contenga tan sólo una desintegración por minuto de 14C o 35S puede detectarse mediante autorradiografía. Una proteína que constituya entre el 10 menos 4 y el 10 menos 5% de la proteína total puede detectarse y cuantificarse mediante autorradiografía.

Custom Antibody titration by ELISA up to 2 rabbits and 1 bleed
Alpha Diagnostics
Frit Kit
Next Advance
Column Packing Kit
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La reproducibilidad de la separación es suficiente para permitir que cada mancha de una separación coincida con una mancha de una separación diferente. Esta técnica proporciona un método para estimar (con las sensibilidades descritas) el número de proteínas producidas por cualquier sistema biológico. Este sistema puede resolver proteínas que difieren en una sola carga y, por consiguiente, puede utilizarse en el análisis de modificaciones in vivo que dan lugar a un cambio de carga. Se pueden identificar las proteínas cuya carga se modifica por mutaciones sin sentido. Se presenta una descripción detallada de los métodos, así como las características de este sistema.

Custom development of ELISAs for other species or antibody isotypes not listed in the catalog. Custom testing of samples for IgG/IgM/IgA or total (IgG+IgM+IgA)
000-CUS Alpha Diagnostics
Alpha-bungarotoxin, CF405s
00002 Cusabio
Alpha-bungarotoxin, CF405s
00002-100ug Biotium
Alpha-bungarotoxin, CF680r
9-00003 Biotium

Una enciclopedia integrada de los elementos de ADN del genoma humano.

El genoma humano codifica el plan de la vida, pero se desconoce la función de la inmensa mayoría de sus casi tres mil millones de bases. El proyecto Enciclopedia de Elementos de ADN (ENCODE) ha cartografiado sistemáticamente regiones de transcripción, asociación de factores de transcripción, estructura de la cromatina y modificación de histonas. Estos datos han permitido asignar funciones bioquímicas al 80% del genoma, en particular fuera de las regiones bien estudiadas de codificación de proteínas.

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Muchos de los elementos reguladores candidatos descubiertos están físicamente asociados entre sí y con genes expresados, lo que aporta nuevos conocimientos sobre los mecanismos de regulación génica. Los elementos recién identificados también muestran una correspondencia estadística con variantes de secuencia vinculadas a enfermedades humanas, por lo que pueden orientar la interpretación de esta variación. En conjunto, el proyecto aporta nuevos conocimientos sobre la organización y regulación de nuestros genes y genoma, y constituye un amplio recurso de anotaciones funcionales para la investigación biomédica.

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ELISA-1
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FRIT-KIT
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Métodos mejorados para construir modelos de proteínas en mapas de densidad electrónica y localización de errores en estos modelos.

La interpretación de mapas sigue siendo un paso crítico en la resolución de la estructura de una macromolécula. Los errores introducidos en esta fase temprana pueden persistir a lo largo del refinamiento cristalográfico y dar lugar a una estructura incorrecta. El residuo cristalográfico normalmente citado es a menudo una mala descripción de la calidad del modelo. Se describen estrategias y herramientas que ayudan a paliar este problema. Simplifican el proceso de construcción del modelo, cuantifican la bondad del ajuste del modelo por cada residuo y localizan posibles errores en las conformaciones de péptidos y cadenas laterales.

100 BP DNA LADDER, 500UL PER KIT
M-DNA-100BP CORNING
1 KB DNA LADDER, 500UL PER KIT
M-DNA-1KB CORNING
DiscoveryProbe? DNA Damage/DNA Repair Library
L1033-.1 ApexBio
DiscoveryProbe? DNA Damage/DNA Repair Library
L1033-.25 ApexBio
DiscoveryProbe? DNA Damage/DNA Repair Library
L1033-5 ApexBio

El servidor RAST: anotaciones rápidas mediante tecnología de subsistemas.

El número de secuencias de genomas procarióticos disponibles no deja de crecer y lo hace a mayor velocidad que nuestra capacidad para anotarlas con precisión.

MÉTODOS
Describimos un servicio totalmente automatizado para la anotación de genomas de bacterias y arqueas. El servicio identifica genes codificadores de proteínas, ARNr y ARNt, asigna funciones a los genes, predice qué subsistemas están representados en el genoma, utiliza esta información para reconstruir la red metabólica y facilita al usuario la descarga del resultado. Además, el genoma anotado puede consultarse en un entorno que permite el análisis comparativo con los genomas anotados mantenidos en el entorno SEED.

Pdbwiki

Protein A protein
Fitzgerald
pLDH Protein Protein
Abbexa
pLDH Protein Protein
Abbexa

Normalmente, el servicio pone a disposición el genoma anotado entre 12 y 24 horas después de su envío, pero en última instancia la calidad de un servicio de este tipo se juzgará en función de la precisión, coherencia y exhaustividad de las anotaciones producidas. Resumimos nuestros intentos de resolver estos problemas y discutimos los planes para mejorar el servicio.

Paraffin Wax Dispenser
Scientific Laboratory Supplies
Paraffin wax, granular (56 - 60)
Glentham Life Sciences
Paraffin wax, granular (56 - 60)
Glentham Life Sciences
MagSi-WAX
AMSBIO
MagSi-WAX
AMSBIO

CONCLUSIONES
Al proporcionar anotaciones precisas y rápidas de forma gratuita a la comunidad, hemos creado un importante recurso comunitario. El servicio ya ha sido utilizado por más de 120 usuarios externos que han anotado más de 350 genomas distintos.

MULTIPLEX KIT PCR MASTITIS PCR kit
Bioingentech
MULTIPLEX KIT PCR MASTITIS PCR kit
Bioingentech
MULTIPLEX KIT PCR Babesia & Theileria PCR kit
Bioingentech
MULTIPLEX KIT PCR Babesia & Theileria PCR kit
Bioingentech
ranavirus PCR kit
Bioingentech

MolProbity: validación de estructuras totalmente atómicas para cristalografía macromolecular.

MolProbity es un servicio web de validación de estructuras que proporciona una evaluación sólida de amplio espectro de la calidad de los modelos, tanto a nivel global como local, para proteínas y ácidos nucleicos. Se basa en gran medida en la potencia y sensibilidad que proporcionan la colocación optimizada de hidrógenos y el análisis de contactos de todos los átomos,

Complementado con versiones actualizadas de los criterios de geometría covalente y ángulo de torsión. Algunas de las correcciones locales pueden realizarse automáticamente en MolProbity y todos los diagnósticos se presentan en forma de tablas y gráficos que ayudan a guiar la reconstrucción manual. La cristalografía de rayos X proporciona una gran cantidad de datos moleculares de importancia biológica en forma de estructuras atómicas tridimensionales de proteínas, ácidos nucleicos y complejos cada vez más grandes en múltiples formas y estados.

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ELISA-1 Alpha Diagnostics
Beta2-Microglobulin ELISA kit ELISA Kit
LF-EK60047 Abfrontier
Chicken thrombomodulin,TM ELISA KIT ELISA
QY-E80092 Qayee Biotechnology
Oxycodone ELISA
EK7130 BosterBio
Amphiphysin ELISA
LF-EK0189 Abfrontier

 

Los avances en la automatización, desde la cristalización hasta la recopilación de datos, pasando por el escalonamiento, la construcción de modelos y el refinamiento, han hecho que resolver una estructura mediante cristalografía sea más fácil que nunca. Sin embargo, a pesar de estas mejoras, los errores locales que pueden afectar a la interpretación biológica están muy extendidos a baja resolución, e incluso las estructuras de alta resolución contienen casi todas al menos algunos errores locales, como los valores atípicos de Ramachandran, las cadenas laterales de proteínas ramificadas invertidas y los puckers de azúcar incorrectos. Es fundamental, tanto para el cristalógrafo como para el usuario final, que existan métodos fáciles y fiables para diagnosticar y corregir este tipo de errores en las estructuras.

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Beta2-Microglobulin ELISA kit ELISA Kit
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MolProbity es la contribución de los autores para ayudar a resolver este problema y este artículo revisa sus capacidades generales, informa sobre las recientes mejoras y su uso, y presenta pruebas de que las mejoras resultantes están afectando ahora beneficiosamente a la base de datos global.

Modelización comparativa de proteínas mediante la satisfacción de restricciones espaciales.
Describimos un método de modelización comparativa de proteínas diseñado para encontrar la estructura más probable para una secuencia dada su alineación con estructuras relacionadas. El modelo tridimensional (3D) se obtiene satisfaciendo de forma óptima las restricciones espaciales derivadas del alineamiento y expresadas como funciones de densidad de probabilidad (FDP) para las características restringidas. Por ejemplo, las probabilidades de conformaciones de la cadena principal de un residuo modelizado pueden estar limitadas por su tipo de residuo, la conformación de la cadena principal de un residuo equivalente en una proteína relacionada y la similitud local entre las dos secuencias. A partir de las correlaciones entre las características estructurales de 17 familias de proteínas homólogas que se han alineado sobre la base de sus estructuras tridimensionales, se obtienen varias de estas fdp.

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Alpha-bungarotoxin, CF405s
00002 Cusabio
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00002-100ug Biotium
Alpha-bungarotoxin, CF680r
9-00003 Biotium
Alpha-bungarotoxin, CF680r
9-00003 Biotium

Las fdp restringen las distancias C alfa-C alfa, las distancias N-O de la cadena principal y los ángulos diedros de la cadena principal y de la cadena lateral. En la derivación de estas relaciones se utiliza un procedimiento de suavizado para minimizar el problema de una base de datos dispersa. El modelo 3D de una proteína se obtiene mediante la optimización de la fdp molecular de forma que el modelo viole lo menos posible las restricciones de entrada. La pdf molecular se deriva como una combinación de pdfs que restringen las características espaciales individuales de toda la molécula. El procedimiento de optimización es un método de función objetivo variable que aplica el algoritmo de gradientes conjugados a las posiciones de todos los átomos que no son de hidrógeno. El método está automatizado y se ilustra mediante la modelización de la tripsina a partir de otras dos proteinasas de serina.

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DAVID: Base de datos de anotación, visualización y descubrimiento integrado.

ANTECEDENTES
La anotación funcional de genes expresados diferencialmente es un paso necesario y crítico en el análisis de datos de microarrays. La naturaleza distribuida del conocimiento biológico obliga con frecuencia a los investigadores a navegar por numerosas bases de datos accesibles a través de Internet recopilando información gen por gen. Un enfoque más sensato consiste en proporcionar acceso basado en consultas a una base de datos integrada que difunda información biológicamente rica a través de grandes conjuntos de datos y muestre resúmenes gráficos de la información funcional.

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Alpha-bungarotoxin, CF680r
Biotium

RESULTADOS
Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery (DAVID; http://www.david.niaid.nih.gov) responde a esta necesidad mediante cuatro módulos de análisis basados en la web: 1) Herramienta de anotación: añade rápidamente datos descriptivos de varias bases de datos públicas a listas de genes; 2) GoCharts: asigna genes a categorías funcionales de la Ontología Genética basándose en clasificaciones seleccionadas por el usuario y en el nivel de especificidad de los términos; 3) KeggCharts: asigna genes a procesos metabólicos KEGG y permite a los usuarios visualizar genes en el contexto de mapas de rutas bioquímicas; y 4) DomainCharts: agrupa genes según dominios de proteínas conservadas PFAM.

Fuentes :

  1. Gentaur
  2. NCBI
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